一直以来，锦衣卫与东厂被人们惯以“朝廷鹰犬”的称号，随着历史的面纱被当代学家所摘下，锦衣卫已经得到正名，而东厂依然是朝廷黑暗的幕后。《锦衣卫》的独特之处正反映了这些，为了给“锦衣卫”正名不惜将锦衣卫与东厂对立，此等拍片角逐机制非一般导演所能攀比。
　　
　　
　　鉴于学术研究、鬼才齐聚的当代社会，曾经被历史轮奸的种种内幕相继曝光。孔子不再是圣人，秦始皇是仁君，汉高祖、刘备最奸诈，曹操大公无私，连蒋介石也爱国爱人民。而今，锦衣卫也以身作则、与黑暗势力分庭抗礼，难道下一步拍的就是宦官夺权乃时势之趋、人心所向？
　　
　　
　　明朝的灭亡一直有争议。有人认为：成也厂卫，败也厂卫，明之亡于厂卫之亡；也有人认为锦衣卫权限被削弱后官场腐败变本加厉。双方对峙下，突然有人高举《锦衣卫》的旗帜大喊：“我们锦衣卫要的是尊严，只问时间、事件、何人，在何地。”从甄大侠口中吐出的这一番说词不仅没有给锦衣卫正名，反而更体现了锦衣卫自身的特务性质。
　　
　　
　　影片刚开始那一番旁白中有说锦衣卫的性质：“在法理之内执行国外，在法理之外排除异己。”、“在英明之主下能保家卫国，但当皇帝昏庸，却变得令人闻风丧胆。”从表面上看锦衣卫的作用还真不可小觑；实际明朝英明之主下锦衣卫自身的腐化并不能够起到保家卫国作用，即便庸君当道时更方便了锦衣卫的独善其身，为了生存可以弑兄，还有什么不可为的呢？如此大逆不道，就算遇上英明之主，受其成长环境下阴影影响，一定会是变态狂人。试问，锦衣卫能保家卫国吗？用偶然之需谈普遍之势，难道非片面之词？
　　
　　
　　从刚开始就刻画的剧情来看，锦衣卫令人闻风丧胆是没错，可是依然有不怕死的太傅赵审言，“我赵审言头可断，但绝不会屈服于奸臣乱党”，从正面看赵太傅是条汉子，其实是反衬了锦衣卫、东厂并在一起就是奸臣乱党。“奸”体现在连锦衣卫指挥史青龙也会用守正来要挟太傅，“乱”体现在锦衣卫让守护正义的赵家妻离子散。这些都是为青龙出逃后杀奸除恶打乱所埋的伏笔。
　　
　　
　　玉玺被高手劫走后，青龙潜逃，锦衣卫也因此遭殃。玄武叛变，白虎、朱雀被杀，锦衣卫落入东厂，朝廷最终被贾精忠所控制。虽然锦衣卫间演绎了兄弟手足之情，但是并没有因为玄武的叛变而让锦衣卫解散，可见是一群没有尊严、一切为皇室的团伙，以致青龙逃窜后才想到要讨回属于自己的尊严。
　　
　　
　　《锦衣卫》的真正正名是从青龙逃窜后说起。青龙任务失败后看到自己的兄弟被逮、心中失望，一心想要为兄弟们讨个公平，于是潜逃。这时有着民族象征意义的民间正义燃起，那就是正义镖局。通过民间正义来给锦衣卫正名，这又是导演的另一大创新，真正的达成军民一线，而最终实现天下大同的好景象。
　　
　　
　　《锦衣卫》的正名之路由青龙开始，由民间正义升起。第一步依然是绿林好汉老套路：惩奸除恶。人逢乱世不谈家，酒逢知己千杯少。一间即将倒闭的镖局因为青龙的出手大方铤而走险，重新扬起正义的旗帜，走镖时还遇上假天鹰帮。如此乱世，“正义”镖局居无定所，过着漂泊生活，无家可言；但是镖局老头把酝酿几十年的好酒都分给众兄弟，甚至青龙这样的陌生人，可谓是同为天涯沦落人，借酒解闷舒愁。平民百姓于乱世无尊严可言，而逃窜的青龙因此获悉，要自己把失去的尊严追回来。可能是因为乔花的一番话：“需要一个英雄出来拯救世界。”唤醒了青龙的良知，也完成了他给锦衣卫正名的第一步：惩奸除恶。
　　
　　
　　第二步同胞相残。无论是玄武的叛变，还是玄武与朱雀、白虎之间的角斗，都系于一根绳上，即同胞相残。对于手足情深的锦衣卫兄弟，同胞相残的首发点并不是因为利益，而是因为名、权，因为他们所生存的环境。习惯了杀戮的日子永远不想安宁，就算青龙出逃后也依然放不下同胞相残，虽然口口声声说兄弟屋舍深，但是任务对他们来永远排第一位，圣旨要杀谁就杀谁，死里逃生时同胞相残也是理所当然。
　　
　　
　　青龙在得知玄武杀害朱雀后痛惜不已，于是他也巧借民间正义来给自己作掩护以便对抗朝廷的奸臣乱党。但是由于他的所作所为确实让平民百姓为之感动，乔花也愿意被他利用，这时青龙才明白真正的同胞相残是体现在军与民间，而不是体现在锦衣卫那样的小团伙中。
　　
　　
　　在明白同胞相残后，开始了最关键的一步正名之路，那就是杀通敌叛国。其间演绎了三种剧变：一是从贾精忠的官场角斗到国与国之间的交战；二是从玄武的叛变到叛国；三是从青龙的讨回尊严到抢回玉玺。无论哪一种剧变都会影响到国家存亡，此时青龙背负着讨回尊严、杀通敌叛国、抢玉玺的三重任务；因为救乔花而失玉玺所萎靡的命运即刻燃起，实现了脱离锦衣卫后真正的大彻大悟。于国家生死存亡关头，清理这三种剧变产生的结果是为《锦衣卫》正名最核心的部分，也是他为锦衣卫正名的第三步；青龙做到了，但是他最后奉天成仁，也就是第四步。
　　
　　
　　第三步的完成，不只是青龙一个人的功劳。有代表民间正派的正义镖局各成员、有代表民音黑暗的天鹰帮各成员、有代表朝廷正派的赵审言太傅等人，他们都有功劳。此时，以贾精忠为主朝廷黑暗势力已经与民间正邪派、朝廷正派三派之间对立，必倒之。而这个对立场面的牵线者就是青龙所代表的锦衣卫，因此得以完成正名最关键的一步。
　　
　　
　　第四步奉天成仁上演了青龙与锦衣卫兄弟间的兄弟情、青龙与乔花间的爱情、青龙与判官间的惺惺相惜之情。为了兄弟情除正名、讨回尊严外，最重要的就是为白虎、朱雀报仇，由讨回尊严到讨回玉玺将由叛变到叛国的玄武杀掉后，就是去找曾杀害白虎的西域女子脱脱决斗，实现了他真正的奉天成仁；作为一个生活在杀戮环境下的男人在被乔花感化后也会动情，甚至放弃玉玺救乔花，放弃玉玺即放弃救国，乔花于马车中欣然一笑让所有观众为青龙惋惜；不打不相识的叛官也因此而感动，毅然选择奉天成仁。
　　
　　
　　因为“奉天成仁”结束了一切，青龙与锦衣卫众兄弟黄泉路上相见，脱脱也给了养父一个交待，判官也为友情战死，但是象征着朝廷正派的赵审言太傅为什么没有奉天成仁？于戏剧开关部分，赵审言已经被箭射中，结尾时依然能与儿子实现约定，这难道是导演为拍下一部好为东厂正名？还是导演的偏见？或许导演才能再现历史轮奸的画面，还我们一段全新的历史。