《蓝岛》全书共二十三章，二十三万余字。熔合了爱情、科幻、悬疑等元素，讲了一个反乌托邦式的故事。主要讨论绝对自由究竟在多大程度上可能以及绝对自由这一美好愿景与人性规律本身存在的悖反。力求小说脱离通俗小说与严肃文学传统二分法窠臼，让文本的故事性、观赏性、视觉性与思想性四者达到完美统一。

　　小说中心点围绕深隐于大理苍山中的“蓝岛”展开。蓝岛三面环水，一面背山，地磁环境复杂，存在着一个与世隔绝的高级文明，他们拥有不被现今文明所发现的尖端科技与地理优势。他们与世隔绝，却时刻掌握着地球上每一分每一秒的微小变化。蓝岛人在暗处，地球人在明处，隐藏自己并保持这种隔绝是蓝岛机器人管理者的首要任务。情节便是缘起一个蓝岛外逃女子（铃儿）与外界发生联系暴露了蓝岛秘密而引发的一系列围捕与反围捕、掩盖真相与探究真相的惊险离奇的故事。

　　小说开头主人公（龙彦）从昏迷中醒来。他曾失踪一个多月，重新出现时不但失去知觉且出现的地点与方式十分不合常理。他醒来之后发现自己有近一年跨度的记忆空白，而导致他昏迷进而失去记忆的生理原因始终无法查出。等等一切无法解释的谜团推动故事情节发展，他只身前往被发现的地点大理追查事件真相，虽未查明真相，却得知在此之前也有一位和自己经历十分相似的人，于是他赶往武汉。这一段旅途他注定失望而回，但武汉之行得到的一个十分不起眼的信息将为后来龙彦发现蓝岛秘密入口提供重要线索。

　　从武汉回到昆明后，在好友何沅介绍下，龙彦前往心理医师区一哲处接受催眠治疗。第一次催眠中龙彦得到一些碎片式的信息并确定了时常在耳畔响起的女声并非只是一种幻听，由此了解到铃儿的存在——虽然他无法知晓自己与她之间的关系。在稍作考虑之后，区一哲决定让龙彦进入“深度催眠”以便彻底查明真相，但存在一定风险。待龙彦进入深度催眠之后，故事开始进入倒叙阶段。从与铃儿的相识开始交代，在这阶段，他们一直被不知来历的黑衣人追捕。在一起生活的日子里，他们深深爱上对方，尽管铃儿始终对自己的来历三缄其口，龙彦也能做到不说即不问。直到黑衣人时隔一个月后又追到龙彦家中，他们再次仓皇出逃，在藏身的废弃大楼屋顶上，铃儿终于道出了一直困扰着龙彦的关于自己的身世之谜。

　　故事发展到这里，开始交代蓝岛的过去与现在。在人类这一阶段的文明高峰之前，其实还存在过更加高级的文明。只因自然灾害与冰河期的到来，在无法保全当时地球全部人的情况下，统治者秘密在地球各处建立起方舟，以求延续文明之火种，其中就包括地磁环境复杂的百慕大三角洲（书中称之为冰河人）。这些方舟文明在地球回暖之后，看到人类重回野蛮状态，因此一直秘密隐藏自己，也曾企图以救世主的名义向人类播撒觉醒的种子，只因看到自己的努力演变成信奉鬼神的宗教且一再因此引起争战，方舟人才放弃了想要引导文明进步的努力而力求隐藏自己。

　　而蓝岛的创建者（汉米尔顿先生，铃儿养父）曾为英国皇家科学院院长，在一战开始前便已发现冰河人的存在。因一战爆发，痛恶科学并不能解决人类文明进程之痛，遂秘密投奔冰河人，在一次外出科考中消失于百慕大三角洲。他和他的团队在冰河人的尖端科技帮助下寿命得以大大延长，在得到一部分冰河人的尖端科技之后，立志建立一个最大限度实现个人自由、平等、幸福的国度，并以此为模式推广之，以挽人类文明于危亡。在冰河人支持下，汉米尔顿先生选中了大理苍山中一出三面环水的小岛作为理想国的试验田。蓝岛在建立过程中即发生权力内斗，出于团队内部权力倾轧和对人性之恶的极度悲观，汉米尔顿构想了一个以机器人代行管理的理想化方案并付诸实施。从此，蓝岛进入机器人管理时代。但在此并未交代汉米尔顿先生因何在生命即将到来的尽头将自己心爱的养女秘密送出蓝岛，同时也一并交代了关于铃儿的身世。故事尚未讲完，自由卫视（黑衣人）突然出现，并将铃儿带走。

　　龙彦从分别那晚的昏迷中醒来之后的时光中，一直在思念中等待。原本以为要永远失去铃儿，可“铃儿”突然在平安夜当晚现身，并于次日将龙彦一同带往蓝岛。

　　接下来龙彦将在蓝岛展开一场奇幻之旅。他还得以体验造梦电影带来的奇妙。在电影中，另一个蓝岛人（比伯，蓝岛创建者之一的孙子）用意识交流方式闯入龙彦的电影，并告知他一个一开始不愿相信却在后来得以证实的消息——带他来蓝岛并和他共眠的女子不过是机器人阴谋复制的假铃儿，而真正的铃儿在被带回蓝岛之后就失去踪迹，生死未明。于是，找到并救出铃儿成为龙彦的首要目的，他的目的与比伯以及他身后的团队指挥（哈里先生，蓝岛创建者之一）和团队成员（秋年，哈里的助手兼情人）形成一致目标：共同推翻机器人对蓝岛的统治。

　　龙彦同样通过梦影城联网通道见到了推翻机器人计划操盘手哈里先生。但机器人此时已得到风声，一场团队猜疑，丛林追杀，城市巷战开始上演。就在经历生死逃亡刚刚得到铃儿可能的藏身地点时，龙彦在前往寻找铃儿的途中落入机器人之手，并被洗清关于铃儿与蓝岛的所有记忆。

　　故事叙述到这里，情节重又回到深度催眠现场，在经过充分准备与谋划后，龙彦在好友何沅和心理医师区一哲的陪同下一同向往蓝岛，寻找铃儿。

　　正式进入蓝岛展开寻爱之旅自全书第二十章始，这趟生死难卜的旅途龙彦将找回些什么，又将失去些什么同时明白了些什么，他们将遭遇什么样的磨难与艰险，在面对生死抉择之时，他们又将如何迎向自己不同的人生……全书的精彩与所有谜团的钥匙将在这一段得以一一呈现。